Napomoci k dosažení této dlouhodobé strategické vize mají dvě roviny priorit, které jsou v Národní RIS3 strategii stanoveny:
- Horizontální priority – klíčové oblasti změn, které reagují na nutnost řešení průřezových problémů VaVaI systému jako celku. V klíčových oblastech změn musí ČR dosáhnout významných posunů, aby bylo možné rozvíjet silné stránky, znalosti a inovační potenciál země. V rámci horizontálních priorit jsou definovány horizontální strategické a specifické cíle Národní RIS3 strategie, které jsou zaměřeny na zvýšení inovační výkonnosti firem, kvality veřejného výzkumu, dostupnosti kvalifikovaných lidí pro VaVaI a využití nových technologií a digitalizace. V rovině horizontálních priorit je Národní RIS3 strategie úzce provázána s nadřazenými strategiemi, přičemž inkorporuje některá opatření realizovaná jinými strategickými dokumenty (zejména Národní politikou VaVaI).
- Tematické (vertikální) priority, které jsou postaveny na silných stránkách ČR a na jejích specifických kapacitách a zdrojích v rovině ekonomické, inovační a výzkumné. Národní RIS3 strategie v rámci domén specializace usiluje o propojení možností, které přináší ekonomické zázemí ČR, s výzkumnými kapacitami a klíčovými technologiemi, které představují zásadní příležitosti pro posun k aktivitám s vyšší přidanou hodnotou, posun v hodnotových řetězcích a vytváření specifických tržních nik a segmentů. Důležitou součástí tematických priorit je rovněž oblast společenských výzev a na ně navázaných misí. Společenské výzvy představují z hlediska inteligentní specializace vnější stimuly, které mohou mít povahu společenských, ekonomických a environmentálních potřeb a hrozeb, ale současně vytvářejí příležitosti a předpoklady pro inovativní řešení, včetně technologických a sociálních inovací.
